O clube é conhecido no mundo inteiro por ter revelado o "Atleta do Século" (nomeado em 1999 pelo COI), Pelé, que começou sua carreira no Santos em 1956, com apenas 16 anos de idade. Na década de 1960, ele foi a principal estrela da maior equipe santista de todos os tempos, que obteve várias glórias ao redor do globo, entre elas os dois Mundiais que o clube venceu em 1962 e 1963.
O Santos é o maior campeão nacional, ao lado do Palmeiras, com 8 títulos: 5 Taças Brasil (1961-1965), 1 Torneio Roberto Gomes Pedrosa (1968) e 2 Campeonatos Brasileiro (2002 e 2004); desbancando o São Paulo Futebol Clube e o Clube de Regatas do Flamengo, com 6 títulos de Campeão Brasileiro cada um. A CBF reconheceu oficialmente esses torneios no dia 13 de dezembro de 2010.
O Santos FC, em sua fase áurea, conquistou 9 títulos consecutivos entre 1961 e 1963. De 1960 a 1969, período de 10 anos, conquistou nada menos que 22 títulos oficiais, um recorde entre times brasileiros. Estes são eles:
são eles:
- 1960 Campeonato Paulista
- 1961 Campeonato Paulista e a Taça Brasil
- 1962 Campeonato Paulista, Taça Brasil, Taça Libertadores da América e a Mundial Interclubes;
- 1963 Torneio Rio-São Paulo, Taça Brasil, Taça Libertadores e a Mundial Interclubes;
- 1964 Campeonato Paulista, Torneio Rio-São Paulo e a Taça Brasil;
- 1965 Campeonato Paulista e a Taça Brasil;
- 1966 Torneio Rio-São Paulo
- 1967 Campeonato Paulista
- 1968 Campeonato Paulista, Torneio Roberto Gomes Pedrosa e a Recopa dos Campeões Mundiais;
- 1969 Campeonato Paulista
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